Em X-MEN 3: O Confronto Final, os X-Men precisam enfrentar a própria evolução na forma de sua ex-integrante, Jean Grey, agora possuída pela força cósmica da Fênix Negra, auxiliados por dois novos recrutas (o Anjo e o Fera). Jean se tornou um perigo para ela mesma, para os mutantes e para todo o planeta. Para combater esta ameaça, é inventada uma cura para os mutantes. Se isso não bastasse, os X-Men ainda têm que lidar com Magneto, Mística, Fanático e outros mutantes da Irmandade.