O pirata Alameda Jack (Antonio Banderas) enfim conseguiu encontrar um livro mágico onde todos os planos malignos que escreve se tornam realidade. Entretanto, ele precisa da última página do livro, que está de posse de Bob Esponja, no fundo do mar. Para recuperá-la, Alameda elabora um plano onde o habitat de Bob é destruído. Precisando salvá-lo a todo custo, ele e os amigos Patrick, Sirigueijo, Lula Molusco e Plâncton decidem buscar ajuda na superfície.