Jesus (Willem Dafoe) é um carpinteiro que vive um grande dilema, pois é quem faz as cruzes com as quais os romanos crucificam seus oponentes. Resumindo, Jesus se sente como um judeu que mata judeus. Vivendo um terrível conflito interior ele decide ir para o deserto, mas antes pede perdão a Maria Madalena (Barbara Hershey), que se irrita com Jesus, pois não se comporta como uma prostituta e sim como uma mulher que quer sentir um homem ao seu lado. Ao retornar, Jesus volta convencido de que é o filho de Deus e logo salva Maria Madalena de ser apedrejada e morta. Então reúne doze discípulos à sua volta e prega o amor, mas seus ensinamentos são encarados como algo...